Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնի կարևոր կառույցներից է «Վաչե և Թամար Մանուկյան» Մատենադարանը, որի արմատները հասնում են խոր միջնադար:
Բազում փորձություններ տեսած Էջմիածնի մատենադարանի կյանքում նշանակալի իրադարձություն էր նոր շենքի կառուցումը, որի հիմնարկեքը կատարվել է 2009թ. սեպտեմբերի 22-ին:
Մատենադարանի նոր շենքի պաշտոնական բացումը տեղի ունեցավ 2012թ. hոկտեմբերի 18-ին Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնում՝ հանդիսապետությամբ Ն.Ս.Օ.Տ.Տ. Գարեգին Բ Ծայրագույն պատրիարք և Ամենայն Հայոց Կաթողիկոսի, մասնակցությամբ Հայաստանի Հանրապետության Նախագահ Սերժ Սարգսյանի ու Ս. Էջմիածնի մատենադարանի բարերարներ լոնդոնաբնակ տեր և տիկին Վաչե և Թամար Մանուկյանների, որոնց անունով էլ կոչվում է նորակառույց հաստատությունը՝ Ս. Էջմիածնի «Վաչե և Թամար Մանուկյան» մատենադարան:
Մատենադարանի շենքը երկհարկ քարակերտ կառույց է՝ նկուղային հարկով: Յուրաքանչյուր հարկի մակերեսը 1500 քմ է, նկուղինը՝ 1000 քմ: Նկուղային հարկում տեղավորված են գրապահոցները և օժանդակ սենյակները, առաջին հարկում՝ նախասարահը, վարչական մասը, ընթերցասրահը, հանդիասրահը և ցուցասրահները: Երկրորդ հարկում գիտական աշխատասենյակներն են, հնատիպ գրքերի ընթերցասրահը, յուրօրինակ հանդիսասրահը՝ նախատեսված միջազգային գիտաժողովների համար, խորհրդակցությունների սենյակը և ցուցասրահը:
Մատենադարանի բազմահարուստ ֆոնդի հիմքը դեռևս Վազգեն Ա երջանկահիշատակ կաթողիկոսի գահակալության շրջանում Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնում կազմավորված գրադարանն է, Գարեգին Ա երանաշնորհ հայրապետի անձնական գրադարանային ֆոնդը, Հայաստանի աստվածաշնչային ընկերության կողմից նվիրաբերված օտարալեզու բացառիկ կրոնագիտական գրականությունը: Նորաբաց մատենադարանում մեկտեղվել են Մայր Աթոռի տարբեր գրադարանների (Գևորգյան հոգևոր ճեմարան և Սևանի Վազգենյան հոգևոր դպրանոց)` մինչև 1930թ. հրատարակված բոլոր գրքերը: Մատենադարանում պահվում է հայագիտական և աստվածաբանական շուրջ 100․000 միավոր գրականություն (2003 թվականին մոտավորապես 5.000 էր): Այստեղ նաև հավաքված են Աստվածաշնչի գրեթե բոլոր հնարավոր հրատարակությունները:
Մատենադարանում են գտնվում նաև հայ մշակույթի մի շարք երախտավորների անձնական հավաքածուները:
«Վաչե և Թամար Մանուկյան» մատենադարանն ունի 515 միավոր հնատիպ գիրք: Մատենադարանի գլխավոր առաքելություններից է հավաքել այս գրքերը, պահպանել խնամքով ու ուշադրությամբ, միաժամանակ հասանելի դարձնել աստվածաբանությամբ, հայագիտությամբ, Հայաստանի և տարածաշրջանի պատմությամբ հետաքրքրվող ընթերցողներին: Նման գրքերը պահվում են շենքի երկրորդ հարկում հատուկ հնատիպ գրքերի համար նախատեսված սրահում` ապահով և հարմար օդաջերմալուսային պայմաններում: Հետազոտողներն այս ֆոնդից կարող են օգտվել նախնական թույլտվություն ստանալով Մատենադարանի տնօրինությունից: Հնատիպ գրքերի և մատյանների հավաքածուն հանրությանը հասանելի դարձնելու համար Հայաստանի ազգային գրադարանի հետ համագործակցությամբ մշակվում է այն թվայնացնելու ծրագիր: Գրադարանը հարուստ է նաև Մերձավոր Արևելքի հին ու միջնադարյան գրականությամբ: Մատերանդարանի ֆոնդերի համալրումն իրականացվում է շնորհիվ այն նվիրատվությունների, որոնք կատարվում են աշխարհի տարբեր վայրերից: Բացի նվիրատվություններից Մատենադարանն ունի առանձին գումարային ֆոնդ, որը ծառայում է անհրաժեշտ գրականություն ձեռքբերելու համար:
Շենքային նոր պայմանները, տեխնիկական բոլոր անհրաժեշտ միջոցներով զինված լինելը հնարավորություն են տալիս ինչպես հայ, այնպես էլ այլազգի գիտնականներին, հոգևորականներին ու պարզապես ընթերցասեր հանրությանն իրենց ուսումնասիրություններն ու աշխատանքները կատարելու, օգտվելու Մայր Աթոռի մատենադարանի հարուստ ժառանգությունից, ինչպես նաև կապ հաստատելու այլ մատենադարանների, գրադարանների ու գրապահոցներ և թանգարանների հետ:
Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնի «Վաչե և Թամար Մանուկյան» մատենադարանն այսօր ունի ավելի քան 500 գրանցված ընթերցող:
Ապագայում նախատեսված է շենքի մի հատված հատկացնել եկեղեցական մատենագրության, եկեղեցական իրավունքի, եկեղեցու պատմության, եկեղեցական արվեստի, եկեղեցու պատմական աշխարհագրության, ծիսագիտության, աստվածաբանության խնդիրների ուսումնասիրությամբ զբաղվող գիտաշխատողներին, ինչը կնպաստի Մայր Աթոռը միջազգային և համահայկական գիտական կենտրոնի դերի բարձրացմանը: Հայ առաքելական սուրբ եկեղեցին մեծապես նպաստել է գրավոր մշակույթի զարգացմանը, և այժմ ևս անում է հնարավոր ամեն ինչ` պահպանելու անցյալի հարուստ ժառանգությունը՝ հանուն ապագայի:
Մատենադարանի շենքը կառուցվել է ճարտարապետ Արտակ Ղուլյանի նախագծով. Հեղինակը համակցել է ժամանակակից և հայկական ավանդական ճարտարապետական ոճերը:
Մայր Աթոռ Սուրբ Էջմիածնի «Վաչե և Թամար Մանուկյան» մատենադարանը մեր գիտամշակութային կյանքում մեծ դեր ունեցող օջախներից է: