Գրադարանային ոլորտից բացի Մատենադարանն առանձնակի ուշադրություն է դարձնում նաև գիտական ուղղությանը. կազմակարպվում են հանրապետական ու միջազգային գիտաժողովներ:
Գիտաժողովների ընթացքում ներկայացված զեկուցումներն ի մի են բերվում և հրատարակվում են առանձին ժողովածուներով:
Սկսյալ 2012 թվականից, Ս. Էջմիածնի Մատենադարանը Հայաստանի Ազգային գրադարանի հետ համատեղ, երկու տարի պարբերականությամբ, կազմակերպում է Հայկական գրադարանների միջազգային համաժողովը: