300 թ. Ս. Պետրոսը նշանակվում է Ալեքսանդրիայի Աթոռի պատրիարք: Ըստ Եվսեբիոս եկեղեցական պատմիչի` նահայտնի էր որպես «մի տիպար եպիսկոպոս, նշանավոր որքան իր առաքինի կյանքով, նույնքան և Ս. Գրքի մեջ իր հմտությամբ»:
Շատ դժվարին ժամանակաշրջանում պաշտոնավարում է 11 տարի: Դիոկղետիանոս կայսեր հալածանքներից ազատվելուց հետո սահմանում է կանոններ, որոնց հիման վրա զղջացողները կարող էին վերադառնալ եկեղեցու գիրկը: 306թ., երբ վերսկսվում են քրիստոնյաների դեմ հալածանքները, Պետրոս հայրապետը հեռանում է Աթոռից, բայց լսելով, որ իր հոտն անտերունչ է մնացել, վերադառնում է Ալեքսանդրիա, որտեղ և բանտարկվում է:
311 թ. ընդունում է մարտիրոսության պսակը:
Պետրոս հայրապետին իր բոլոր հալածանքների ժամանակ անբաժան ուղեկից ու չարչարանակից էր Աբիսողոմ սարկավագը, ով իր կյանքը կնքում է խոստովանական մահով: